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Coronavirus

Les coronavirus sont une famille de virus (appelée Coronaviridae) au sein de laquelle figure des virus variés dont le matériel génétique est constitué d’ARN. Ils sont capables d’infecter l’être humain et certains animaux. Leur nom signifie « virus couronné », car les nombreuses protéines S présentes à leur surface leur donne un aspect en couronne vus au microscope. On distingue deux groupes de coronavirus : les coronavirus peu pathogènes (on en dénombre quatre actuellement), et les coronavirus hautement pathogènes, dont les trois représentants connus ont émergé depuis 2002 : le SARS-CoV, le MERS-CoV et le SARS-CoV-2.

Test RT-PCR

La réaction de RT-PCR (reverse transcriptase-polymerase chain reaction) communément appelée dans les médias test PCR, test nucléotidique ou test moléculaire permet de détecter avec une spécificité et sensibilité inégalée la présence dans un prélèvement biologique de l’ARN du virus. Ce test fut le premier disponible pour diagnostiquer le SARS-CoV-2 car il peut être rapidement développé sur base de la séquence du virus.

Nombre de reproduction

Le nombre de reproduction est une estimation, sur les 7 derniers jours, du nombre moyen d’individus contaminés par une personne infectée. On parle de nombre de reproduction de base (ou R0) en début d’épidémie, en l’absence de mesures de contrôle de la transmission et lorsque la population est entièrement sensible au virus. Au cours de l’épidémie, ce nombre change : on parle de nombre de reproduction effectif ou temporel (Rt). S’il est inférieur à 1, l’épidémie régresse, au-dessus de 1 elle progresse.

Vaccins à ARN

Dans le cas des vaccins à ADN ou à ARN l’idée est d’injecter au patient des molécules d’ADN ou d’ARN correspondant à des protéines de l’agent pathogène contre lequel on souhaite l’immuniser. Ces protéines sont choisies en fonction de leur capacité à provoquer une réponse immunitaire ou « immunogénicité ». Après injection de l’ADN (ou l’ARN) correspondant les cellules de l’individu à vacciner fabriqueront elles-mêmes lesdites protéines.

Zoonoses

Deux tiers des pathogènes humains sont aujourd’hui issus d’un transfert horizontal de l’animal (sauvage ou domestique) vers l’homme. Ces maladies infectieuses dites « zoonotiques » constituent un véritable fardeau pour plus de 1 milliard d’individus dans le monde ; elles se concentrent principalement dans les zones tropicales notamment en Afrique et dans le Sud-Est asiatique. Dans un monde de plus en plus connecté physiquement et virtuellement les maladies infectieuses zoonotiques ont pris une nouvelle dimension.

Protéine Spike

Cette protéine est présente en de nombreux exemplaires à la surface du SARS-CoV-2. La protéine S est la « clé » qui lui permet d’entrer dans les cellules, où il pourra se multiplier. La « serrure » avec laquelle elle interagit est le récepteur ACE2, situé à la surface des cellules pulmonaires notamment.

Auteur

  1. Chef de rubrique Science, The Conversation France

The Conversation

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